Исследования методом ПЦР
ПЦР - это способ искусственного увеличения количества ДНК-фрагментов в пробе. Проведение ПЦР позволяет увеличить количество ДНК до миллионов и миллиардов копий в режиме реального времени, используя специальные ферменты - термостабильные ДНК-полимеразы. ПЦР применяется в лабораториях в медицине, биологии, судебной экспертизе, генетическом инжиниринге и других областях науки и технологии для получения необходимой информации.
Принцип проведения ПЦР заключается в последовательном повторении циклов нагревания, охлаждения и полимеразы. В каждом цикле ПЦР происходит разделение двух цепей ДНК во время нагревания до определенной температуры (95 градусов Цельсия), связывание праймеров (коротких одноцепочечных фрагментов, которые служат начальной точкой для синтеза новой цепи) во время охлаждения до температуры, оптимальной для их спаривания, и синтез новой цепи при наличии высокой температуры, оптимальной для работы полимеразы (72 градуса Цельсия). Таким образом, после проведения каждого цикла ПЦР количество ДНК после выявления увеличивается в два раза. После нескольких циклов - до миллионов и миллиардов копий.
Реакционная смесь для ПЦР обычно содержит следующие компоненты:
- Шаблонная ДНК является той частью, которую после выделения необходимо увеличить от 1 до 100 нг (нанограмм) в 50 мкл (микролитрах) жидкости для ПЦР в режиме реального времени.
- Праймеры - короткие одноцепочечные фрагменты дезоксирибонуклеиновой кислоты, которые служат в ПЦР начальной точкой для синтеза новой цепи. Обычно в лаборатории используются два праймера, один для начала синтеза в прямом направлении и другой для начала синтеза в обратном направлении.
- Термостабильная ДНК-полимераза - фермент, который в режиме реального времени копирует дезоксирибонуклеиновую кислоту, добавляемый в реакционную жидкость для ПЦР. Обычно в лабораториях используется термостабильная полимераза из бактерии Thermus aquaticus (Taq-полимераза), которая сохраняет активность даже при высоких температурах (выше 75 °С).
- Дезоксинуклеозидтрифосфаты (dNTP) - это нуклеотидные мономеры, из которых при использовании в ПЦР в реальном времени синтезируется новая цепь ДНК.
- Буферная смесь - содержит оптимальное соотношение ионов металлов (обычно магния) и рН, необходимое для работы термостабильной полимеразы.
- Дополнительные добавки - могут включать DMSO (диметилсульфоксид) или BSA (бовиновый альбумин), использование которых может улучшить специфичность и эффективность реакции при проведении ПЦР в реальном времени.
Общий объем реакционной смеси для ПЦР обычно составляет 50 мкл, из которых 10-20% занимает шаблонная ДНК.